化肥企业在运营过程中需要交纳以下几种税：
增值税
一般纳税人：销售自产的化肥，按13%的税率征收增值税。
小规模纳税人：销售自产的化肥，按3%的征收率征收增值税。
批发零售化肥：免征增值税。
城建税和教育费附加
这些费用通常与增值税等流转税一同征收，具体比例根据地区和政策有所不同。
所得税
一般纳税人：按25%的税率缴纳企业所得税。
小规模纳税人：若为独资或合伙性质，则只交个人所得税；若为公司制企业，则需缴纳企业所得税。
个人所得税
销售自产的化肥，可能涉及个人所得税的缴纳，具体依据企业性质和税收政策而定。
建议
化肥企业在具体操作时，应详细咨询当地税务部门，了解最新的税收政策和税率，以确保合法合规经营。
注意增值税的征收和减免政策，合理安排生产和销售计划，以降低税负。