企业和个人在计算工资时，可以扣除的费用主要包括以下几类：
个人所得税
用人单位可以代扣代缴员工的个人所得税。
社会保险费用
包括基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等基本社会保险费，以及住房公积金。
补充养老保险费和补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，也可以扣除。
法院判决或裁定中要求的费用
包括抚养费、赡养费等，这些费用需根据法院判决或裁定进行扣除。
商业保险费
除特殊工种职工的人身安全保险费和国务院财政、税务主管部门规定可以扣除的其他商业保险费外，企业为投资者或职工支付的商业保险费不得扣除。
劳动合同约定的赔偿
员工给企业造成经济损失时，企业可以根据劳动合同约定，从员工工资中扣除损失的赔偿。但需注意，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后员工的工资不得低于当地最低工资标准。
其他法定扣除
包括职工福利费、职工教育经费、工会经费、党组织经费等，这些费用在规定的比例内准予扣除。
专项附加扣除
包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等支出，这些项目可以在计算个人所得税时进行专项附加扣除。
综上所述，企业在计算工资时，可以扣除个人所得税、社会保险费用、法院判决或裁定中要求的费用、特定商业保险费（符合规定）、劳动合同约定的赔偿、其他法定扣除项目以及专项附加扣除项目。这些扣除项目均需在法律规定的范围内进行，确保合法合规。