存货清查的方法主要包括以下几种：
物理清查法
这是最常用的方法，通过对存货进行实地检查和计数，确保实际库存与账面库存一致。这种方法适用于所有类型的存货清查。
账实核对法
通过对账面存货和实际库存进行核对，查找差异并进行调整。这种方法适用于存货数量较多、种类繁多的企业。
抽样清查法
通过随机抽样一部分存货进行清查，然后根据抽样结果推算整体存货的数量和价值。这种方法适用于存货数量庞大的企业，可以节省时间和人力资源。这种方法适用于存货流动频繁、销售额较大的企业。
系统清查法
利用计算机系统进行存货清查，通过系统的数据分析和比对，找出存货差异并进行调整。这种方法适用于已经建立了完善的财务管理系统的企业。
货物跟踪法
以出入库货物为基础，以标签等形式记录下存货的信息，把握存货的出入库情况，进行存货清查，以把握库存货物的移动情况，便于发现存货清查异常。
永续盘点法
即入库的时候就盘点，一般入库不全检，抽检一部分就上货架了，或者就放在固定的一个区域里面。最好是入库的时候把数量点一点，顺便看一看质量，看完以后就放一个位置，跟保管卡核对。
定期和不定期实地盘点
定期清查是指按照固定时间、固定清查形式进行清查，比如每月或每季度对全部商品实行实物清查、库存清点等。不定期清查则是在特定情况下，如发现异常或需要时进行的清查。
在进行存货清查时，应注意以下几个问题：
清查前要准备好相关的清盘单、盘点表等工具，并确保所有存货的保管人参与盘点工作。
清查过程中要逐一核对存货的实物数量和质量，确保账实相符。
对于盘盈和盘亏的情况，应及时查明原因，并按照公司规定进行处理。
清查结果应详细记录在盘点单和盘点盈亏报告单中，作为调整账簿记录和分析差异原因的依据。
通过以上方法，可以有效地进行存货清查，确保企业库存信息的准确性和完整性。