在法院阶段退赃，主要遵循以下流程：
犯罪分子违法所得的一切赃款赃物随案件的移交同时移交给相关级别法院，由法院判决处理。
犯罪分子本人主动退赃或者由犯罪分子的近亲属代为退赃。
法院依法将赃款和赃物退还给相关的受害人以及被害机构、单位，或者通过相关部门将其上交国库。
对于已经结案的案件，赃款赃物通过相关部门将其上交国库。
法院在判决时，会根据犯罪分子的具体情节和犯罪性质来决定赃物的归属，对于那些可以用来证明犯罪分子的具体犯罪行为和事实的特殊赃品，以原物向有关机构移交最好，以便明确犯罪分子的犯罪事实，并给予被害者以及全体公众一个交代。
对于无法退还或者移交甚至没有移交必要的赃物，可以采用照片或者清单的方式登记入册保存，并随卷移送。
涉及被害人的财产，如建设费、工费以及一些公益性款物，法院会在案件结案时立即返还给被害人或被害单位。
如果被告人的违法所得有一部分用于家庭日常生活，被告人和家属均有退赔义务。如果被告人对责令其本人退赔的违法所得已无实际上的退赔能力，但其亲属应被告人的请求，或者主动提出并征得被告人同意，自愿代被告人退赔部分或者全部违法所得的，法院也可考虑其具体情况，收下其亲属自愿代被告人退赔的款项，并视为被告人主动退赔的款项。
通过以上流程，法院可以确保赃款赃物得到合法、及时的处理，既维护了法律的严肃性，也保障了受害人和被害机构的合法权益。建议犯罪嫌疑人的家属在案件审理过程中，积极配合法院和相关部门，按照规定程序进行退赃，以争取从轻处罚。