处理公司车辆违章的步骤如下：
确认责任
根据相关规定，驾驶公司车辆出现违章行为时，应由驾驶员承担责任并进行处理。
准备材料
驾驶员需携带以下材料：
车辆行驶证
自己的驾驶证
身份证
前往车管所处理
驾驶员应前往当地车管所的违章处理窗口，领取号码并排队等待处理。
提交所需的相关资料，并签认处罚决定书。
在处罚决定书规定的十五天期限内，完成罚款的缴纳。
网上处理
可以通过交管12123APP进行违章处理。
下载并登录交管12123APP，使用身份证号和驾校设置的密码或手机验证修改密码，然后绑定机动车查询违章情况，并选择未处理违章进行交款，缴款方式为微信或支付宝。
注意事项
如果车辆有多次违章记录，可以绑定多个驾驶证在网上处理，但一辆车最多只能绑定三个驾驶证，一个驾驶证最多只能绑定三辆车。
违章罚款是不允许报销的，所以驾驶员违章应该自行承担后果。
通过以上步骤，驾驶员可以顺利完成公司车辆违章的处理。建议优先选择使用交管12123APP进行在线处理，以节省时间和精力。